Що відбувається в шкільні дні?
Шкільні дні фокусується на житті Макото Ітоу, першокласника середньої школи, який живе зі своєю розлученою матір'ю у вигаданому місті Хараміхама. Під час другого семестру він закохується в Котоноху Кацуру, сором’язливого однокласника, який їздить з ним потягом до школи та назад.
За винятком останніх випусків, історія, так само як і гра, розповідає про життя Макото Ітоу, студента першого курсу середньої школи, який стає двозначним коханням кількох дівчат під час другого семестру, і наслідки, які це має на себе та свої стосунки.
Потім Котоноха по черзі вбиває Секай і розрізає їй живіт, щоб побачити, чи справді в її утробі є плід; немає. Вона обезголовлює голову Макото з його мертвого тіла та їде з ним на захід сонця на човні своєї родини (звідси інтернет-мем). Але фінал — це щось більше.
Заснований на візуальному романі, серіал розповідає про життя Макото Ітоу, звичайного героя гаремного жанру. Проте School Days виділяється заглиблення в наслідки маніпуляцій, невірності та складності стосунків.
Щасливий кінець з Отоме. Це майже так само, як закінчення Секаї «Сповнене кохання» та закінчення Котонохи «З Котонохою», за винятком того, що в цьому випадку Отоме просить Макото зустрітися з нею на пляжі, де вони весь час тусувалися. Макото розуміє, що його кохання весь час було поруч із ним, і приходить.
Цю версію Макото вважають бездушною та егоїстичною, і її негативно сприйняли численні критики та шанувальники оригінального візуального роману. У останньому епізоді його вбиває ревнивий і емоційно нестабільний Секай, який забиває його до смерті за невірність їй із Котонохою.