Яка концентрація HMW ДНК?
В ідеалі gDNA HMW повинна зберігатися в концентрації 100–200 нг/мкл для простого використання та надійного аналізу. Таким чином, використання 200 мкл буфера для елюції рекомендується для зразків, отриманих із > 2 x 106 клітин, > 500 мкл крові ссавців або > 5 мкл ядерної крові.
Отже, молярна концентрація ДНК у кожній диплоїдній клітині людини становить 2,77 × 10 23 моль.
Оскільки HMW ДНК <250 кб простий у використанні та може бути точно виміряний за допомогою стандартних спектрофотометричних методів, вимірювання UHMW ДНК можна зробити точнішим шляхом зменшення загального розміру фрагмента ДНК невеликої аліквоти зразка.
Зчитування поглинання виконується при 260 нм (A260), де ДНК найбільше поглинає світло, і отримане число дозволяє оцінити концентрацію розчину. Щоб переконатися, що цифри корисні, показання A260 повинні бути в межах лінійного діапазону приладу (зазвичай 0,1–1,0).
Репозиторій NIGMS тепер пропонує високомолекулярні (HMW) зразки ДНК, виділені з клітинних ліній у колекції HGCR. HMW ДНК є корисною для давно зчитованого секвенування наступного покоління та досліджень, які досліджують великомасштабні геномні варіації, такі як структурні варіації.
Якісна ДНК матиме А260/A280 співвідношення 1,7–2,0. Показник 1,6 не робить ДНК непридатною для будь-якого застосування, але нижчі співвідношення вказують на наявність більшої кількості забруднень. Співвідношення можна розрахувати після поправки на каламутність (поглинання при 320 нм).